ยังคงนำเสนอกันอย่างต่อเนื่อง กับ Are You Remember…ยังจำได้ไหม 2006 YZR-M1 รหัสOWR3 โดยรุ่นนี้นั้นรวมพื้นฐานการพัฒนาของเวอร์ชั่นก็ยังคงมีพื้นฐานส่วนใหญ่เช่นเดียวกับเวอร์ชั่น 2005 ไว้ แต่มีการปรับเปลี่ยนรายละเอียดบางอย่างเพื่อให้มีประสิทธิภาพที่ดีขึ้น เช่น การปรับสเปคของกระบอกสูบและช่วงชัก การปรับประสิทธิภาพของ fly-by-wire system เพื่อให้ใช้งานร่วมกับ EMS ได้อย่างสมบูรณ์แบบมากยิ่งกว่าเดิม กล่าวคือเน้นการพัฒนาเทคโนโลยีในส่วนของระบบควบคุมและประมวลผลเพิ่มมากขี้น แต่องค์ประกอบสำคัญที่อาจจะถือว่าเป็นหัวใจในการพัฒนาเวอร์ชั่นนี้นั้นก็คือ การเพิ่มรอบการทำงานของเครื่องยนต์ให้สูงขึ้น รวมทั้งการเค้นกำลังเครื่องยนต์ให้มากขึ้น ด้วยการพัฒนาระบบการทำงานของ EMS จากเดิมที่ควบคุมการทำงานของเครื่องยนต์ในแต่ละสูบทั้งสี่สูบ 2x2 ICS system นั้น ก็ถูกแทนที่ด้วย new fly-by-wire system ที่จะเข้ามาควบคุมการเคลื่อนที่ของวาล์วจากทั้งสี่สูบด้วยระบบไฟฟ้าอย่างเต็มรูปแบบ ซึ่งจะทำให้สามารถทำการปรับเซทได้อย่างสะดวกรวดเร็วในสนามแข่ง นับเป็นการนำระบบ Electronic Control เข้ามามีบทบาทอย่างมากมายกว่าที่ผ่านมา ซึ่งยังรวมถึงสามารถควบคุมแรงบิด Torque Control , ควบคุมแรงดึงของเครื่องยนต์ Engine-Brake Control, ควบคุมการหมุนของล้อ Wheelie Control และยังสามารถจัดการฟังก์ชั่นต่างๆในขณะที่จะกำลังจะออกตัว เช่นเดียวกับในส่วนของเฟรมนั้นได้เพิ่มความแข็งแกร่งด้วยการปรับในส่วนของซัพเฟรมหลัง ที่มีการปรับตำแหน่งใหม่ ซึ่งจากหลายส่วนที่ทำการอัพเดทใหม่นี้ ล้วนมีส่วนให้ ได้รอบการทำงานของเครื่องยนต์สูงขึ้นมาอีก 400 RPM จากเดิม และยังได้กำลังเครื่องยนต์เพิ่มอีก 5 แรงม้า ทำให้เครื่องยนต์ 990 ซีซีใหม่นี้ มีกำลังมากถึง 240 แรงม้า ซึ่ง Valentino Rossi สามารถคว้าชัยได้ห้าสนาม จาก กาตาร์, อิตาลี, คาตาลันญ่า, เยอรมัน และมาเลเซีย