2004 YZR-M1 กับรหัสรุ่น OWP3 มาพร้อมกับเครื่องยนต์ที่พัฒนาใหม่ล้ำหน้ายิ่งขึ้น กับเครื่องยนต์ สี่สูบแถวเรียงแบบ Crossplane Crankshaft 4 Valve Engine และได้อัพเดทเทคโนโลยีใหม่ด้วยการพัฒนาระบบหัวฉีด Fi System ใหม่ พร้อมทั้งพัฒนา Mapped Control จากเดิมที่การกำหนดค่ากราฟหรือแมปปิ้งของ EMS นั้น จะเป็นแบบ Pre-Programmed มาเป็นแบบที่สามารถปรับเซ็ทได้ตลอดเวลาในขณะที่อยู่ในสนามแข่งนั่นเอง อีกทั้งในส่วนของช่วงรถได้มีการปรับโครงสร้างแชสซีส์ใหม่ทั้งหมดให้มีความเสถียรภาพมากยิ่งขึ้น นี่น่าจะเป็น M1โมเดลล่าสุด ที่เรียกได้ว่า ปฏิวัติใหม่หมดแบบหัวจรดท้าย และแน่นอนว่าทุกคนทราบกันดีว่า YAMAH YZR-M1 ในพิกัด 990 ซีซี ที่มีกำลังสูงสุดเพิ่มถึง 240 แรงม้า โมเดลนี้ มาพร้อมกับนักแข่งที่ชื่อ Valentino Rossi ที่สามารถนำ YZR-M1 คว้าชัยชนะในปีนี้ได้มากถึง 9 ครั้ง โดยประเดิมในนัดเปิดฤดูกาลที่แอฟฟริกาใต้ ที่ทำให้แฟนๆทั้วโลกต่างตกตะลึง รวมถึงที่อิตาลี, คาตาลุญญ่า, เนเธอร์แลนด์, อังกฤษ, โปรตุเกส, มาเลเซีย, ออสเตรเลีย และ วาเลนเซีย แน่นอนว่าในปี2004 นั้นเป็นการคว้าแชมป์โลกครั้งแรกของ Valentino Rossi กับ Yamaha อีกด้วย  นี่คือการเริ่มต้นของตำนาน แห่งความเจิดจรัส ของ M1